風祭華是名高中女生，最近為了發生在身旁的奇怪現象而煩惱、於是想到小時候奶奶教她遇到這種事情可以求助「鬼太郎」，因此她寫信去向鬼太郎求救。 但在鬼太郎知道前、小華就被鏡子爺爺抓走、還讓她的家人失去對小華的記憶。而鬼太郎也被關進了鏡子世界、同伴們也被送到全國各地。 好不容易鬼太郎和小華終於逃了出來、但因為被家人所遺忘的衝擊，使小華的心中有了希望讓世界消滅的想法、結果造成了妖怪們開始產生異變。另外一方面、即使是能力高強的閻魔大王都會害怕的古代妖怪夜刀神也打算要復活並且毀滅整個日本....。